在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
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三瓶由布子,菊池心,木岛隆一,小野贤章,阿部敦,早见沙织
植田佳奈,伊藤美纪,伊藤静,能登麻美子,池泽春菜,清水香里,钉宫理惠,佐藤利奈,斋藤千和,桧山修之,市来光弘,小林优,浅野真澄,谷井明日香,伊丸冈笃,泽田敏子
神谷浩史,井上和彦,佐藤利奈 Rina Satou,石田彰 Akira Ishida,诹访部顺一 Junichi Suwabe,堀江一真 Kazuma Horie
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